ネルフが引き取ったエヴァンゲリオン３号機の起動実験パイロットに、トウジが選ばれた。だが、実験開始後にトウジの乗った３号機が使徒に乗っ取られてしまった。シンジはトウジの乗った使徒と対決することに――!?

「新世紀エヴァンゲリオン」13巻の発売を記念し、なんと【限定版】が登場! 限定版だけの描きおろしカバーに加え、コミックスの扉絵画集や3Dカード、描きおろしポストカード6枚組が付いた豪華仕様!

贞本义行：日本著名的动画制作人、漫画家。毕业后加入GAINAX发展。曾经担任《不思议之海的娜丁亚》、《王立宇宙军～奥米内菲斯之翼～》等名作的人物设计和作画监督。之后担任《新世纪福音战士EVA》的人物设计极受好评，更因《EVA》的超人气好评而倍受瞩目。现专注于《新世纪福音战士EVA》的漫画连载。2006年07月15日，贞本义行担任《穿越时空的少女》剧场版动画的人物设定，将日本著名的小说家筒井康隆的同名小说——《穿越时空的少女》搬上银幕，并受到一致好评。2009年8月1日，贞本义行担任了《夏日大作战》剧场版动画的人物设定。

トウジを死なせてしまった事で落ち込むシンジの前に、不思議な少年が現れる。フィフス・チルドレンだと名乗るその少年・渚カヲルに、出会ったばかりのレイと同じものを感じるシンジ。シンジに付きまといネルフまできてしまったカヲルは、そこでエヴァとシンクロできずに悩むアスカと小競り合いをする。その直後使徒が襲来。今度の使徒は心理的に不安定なアスカに精神攻撃を仕掛けてきた。母親とのつらく苦しい過去をえぐり出されてしまったアスカ。「ロンギヌスの槍」でレイが何とか使徒を撃破するが、アスカの心はすでに崩壊してしまっていた。アスカの代わりに弐号機のパイロットに就任しシンジに急接近するカヲル、トウジに続きアスカも救えず苦悩するシンジ、そのシンジをそっと見守るレイ…それぞれの心が揺れるなか、さらに新たな使徒が襲い掛かる…。

空から降ってくる使徒を受け止める。母の墓標の前で、父にかけられたことばに気を取られるシンジは、出撃のタイミングを逃してしまう。帰還後、謎の停電がネルフ本部を襲い――。

向き合う母と子。感動の貞本エヴァ最新刊！ エヴァに取り込まれてしまったシンジを救うサルベージ計画が始まった。意識の波の中でシンジは母親ユイと向き合う。そこで母が告げた言葉は…。

ついにカヲル登場！　アスカ精神汚染で窮地！！ 使途に精神攻撃を受けるアスカ。過去の暗闇を暴かれたアスカの心は！?　そして突如現れた5thチルドレン・渚カヲルの狙いは？　物語は佳境へ！ エヴァ2号機と上手くシンクロ出来なくなり、焦り、追いつめられるアスカ。そんな時、使徒から精神攻撃を受けた彼女の心は激しく揺れる。そして突如現れたフィフス・チルドレン、渚カヲル。執拗にシンジと接触しようとする彼の狙いは──！？

西暦2000年、南極に隕石が落下。かくして有史以来の大カタストロフィー「セカンド・インパクト」が起こった。それから15年、新たな危機が人類を襲う。「使徒」襲来である。使徒に対抗すべく、人類は汎用人型決戦兵器「エヴァンゲリオン」を開発。そして、パイロットに選ばれた「３人の少年少女」たちの戦いが、今、始まる――。

ついに彼女が目覚めた。初号機暴走――！！ トウジの事でシンジはネルフを去る決意をするが、加持の説得で再び初号機に乗り込み、使徒と戦う。だが、その直後、初号機が暴走し――。待望の第7巻！！

操縦センス抜群の美少女、惣流・アスカ・ラングレーがエヴァ弐号機のパイロットとしてやってきた。シンジは、アスカの二重人格ぶりに戸惑いを隠せない。そんな中、２人はコンビネーションの悪さから使徒に玉砕してしまう。ユニゾン攻撃特訓として下った命令は「２人、同じ部屋で暮らしなさい」!?